Universitas Muhammadiyah Kolaka Utara diselenggarakan oleh Persyarikatan Muhammadiyah melalui Badan Pembina Harian (BPH). Senat Universitas menjalankan fungsi penetapan dan pertimbangan kebijakan akademik, sedangkan Rektor memimpin pengelolaan universitas.
Pimpinan universitas:
Rektor dibantu tiga Wakil Rektor, yaitu Bidang Akademik dan Alumni; Bidang Administrasi Umum, Keuangan, dan Kerja Sama; serta Bidang Kemahasiswaan dan Al-Islam Kemuhammadiyahan.
Lembaga:
Lembaga Penjaminan Mutu Internal; Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat; Lembaga Inkubator Bisnis.
Biro: Biro Administrasi Akademik; Biro Administrasi Umum, Perencanaan, Kepegawaian, dan Keuangan; Biro Administrasi Kemahasiswaan, Alumni, dan Hubungan Masyarakat.
Fakultas dan program studi: Fakultas Ekonomi dan Hukum (Kewirausahaan, Manajemen, Hukum); Fakultas Sains dan Keguruan (Sains Aktuaria, Kebidanan D3, Pendidikan Guru Sekolah Dasar, Pendidikan Jasmani); Fakultas Teknik (Teknik Komputer, Teknik Sipil).
Unit Pelaksana Teknis: Perpustakaan; Teknologi Informasi; Pusat Bahasa; Laboratorium Terpadu; Pusat Karier.